(1) SDS-PAGE凝胶配制
SDS-PAGE凝胶可以使用商业生产的SDS-PAGE凝胶配制试剂盒。
(2) 样品处理：在收集的蛋白样品中加入适量浓缩的SDS-PAGE蛋白上样缓冲液。例如2X或5X的SDS-PAGE蛋白上样缓冲液。使用5X的SDS-PAGE蛋白上样缓冲液可以减小上样体积，在相同体积的上样孔内可以上样更多的蛋白样品。5X的SDS-PAGE蛋白上样缓冲液可以参考相关文献资料配制100℃或沸水浴加热3-5分钟，以充分变性蛋白。
(3) 上样与电泳：冷却到室温后，把蛋白样品直接上样到SDS-PAGE胶加样孔内即可。 为了便于观察电泳效果和转膜效果，以及判断蛋白分子量大小，比较好使用预染蛋白质分子量标准(P0066)，上海全自动Western Blot实验外包。电泳时通常推荐在上层胶时使用低电压恒压电泳，而在溴酚蓝进入下层胶时使用高电压恒压电泳。对于Bio-Rad的标准电泳装置或类似电泳装置，低电压可以设置在80-100V，上海全自动Western Blot实验外包，上海全自动Western Blot实验外包，高电压可以设置在120V左右。SDS-PAGE可以采用普通的电泳仪就可以满足要求。通常电泳时溴酚蓝到达胶的底端处附近即可停止电泳，或者可以根据预染蛋白质分子量标准的电泳情况，预计目的蛋白已经被适当分离后即可停止电泳。
全自动western blot无需凝胶、无需转印，放入您的样品，按个按钮，然后就没事了。首先，将样品与Simple
Western样品缓冲液混合，至终浓度1 μg/μL，还原并变性，然后将制备好的样品、一抗和二抗、化学发光底物分配到384孔分析板的指定孔中。之后，将Simple
Western分析缓冲液、毛细管和制备好的分析板放入Simon内，它自动开展所有分析步骤。当蛋白沿着毛细管内一个堆积和分离基质迁移时，它们分离。分离后的蛋白固定到毛细管壁上。之后利用一抗鉴定目标蛋白，用HRP结合的二抗和化学发光底物检测蛋白。系统自动报告检测蛋白的分子量和信号。每次实验可同时分析**多12个样品，结果可在3-5小时内获得。15-150 kDa的目标蛋白均可检测。软件报告每个检测蛋白的分子量、面积、面积百分比和信噪比。对于传统的Western blot而言，结果的重复性一直是个挑战，因为缺乏标准化的操作，且多个操作步骤引入了实验可变性。而Simple Western分析是完全自动化的，因此结果的重复性更好。整体的定量也**改善了，因为省去了转印步骤，从而避免了蛋白转移的不一致。
转膜(Transfer)
推荐在Western实验中选用PVDF膜。硝酸纤维素膜(NC膜)也可以使用，但硝酸纤维素膜比较脆，在操作过程中特别是用镊子夹取等过程中容易裂开。膜的使用请参考生产商的推荐使用步骤。
通常如果使用Bio-Rad的标准湿式转膜装置，可以设定转膜电流为300-400mA，转膜时间为30-60分钟。也可以在15-20mA转膜过夜。具体的转膜时间要根据目的蛋白的大小而定，目的蛋白的分子量越大，需要的转膜时间越长，目的蛋白的分子量越小，需要的转膜时间越短。在转膜过程中，特别是高电流快速转膜时，通常会有非常严重的发热现象，比较好把转膜槽放置在冰浴中进行转膜。
转膜的效果可以观察所使用的预染蛋白质分子量标准，通常分子量比较大的1-2条带较难全部转到膜上。转膜的效果也可以用丽春红染色液(P0022)对膜进行染色，以观察实际的转膜效果。也可以用考马斯亮蓝快速染色液(P0017)对完成转膜的SDS-PAGE胶进行染色，以观察蛋白的残留情况。
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