该研究室主要以细菌、放线菌、古菌和酵母菌为材料开展基础和应用基础研究。基础研究侧重于构建作为基因克隆和表达的遗传系统，尤其是食品级表达的载体与受体系统，研究原核生物基因的时空表达，基因的特异性调控和全局性调控。应用基础研究侧重于研究微生物次生代谢的生物合成途径，提升生产菌的生产能力和获得新的代谢产物；同时采用基因工程和诱变育种等方法，对有应用价值的微生物菌种进行定向改良，以期获得可用于工业化生产的优良基因工程菌株。
主要成果：完成了参与尼可霉素生物合成的重要基因sanF的克隆、鉴定及功能研究，该基因的阻断导致尼可霉素不能合成，结果揭示sanF基因是尼可霉素生物合成的关键基因。选育到麦角固醇高产酵母菌株，北京微生物菌种定向改良生产性状，北京微生物菌种定向改良生产性状，其含量达到细胞干重的3%，北京微生物菌种定向改良生产性状。有关"乳链菌肽20吨发酵罐规模的工业化生产"的项目已经转让，总经费为700万元。选育的高产海藻糖菌株，被认定为科技部"九五"攻关成果。本年度在国内外**刊物发表论文28篇，其中SCI收录刊物论文8篇，申请发明专利1项。
盐碱地由于土壤质量差、作物产量低,在全球分布***,已成为土壤退化中的世界性难题,土壤微生物可作为评价盐碱地土壤质量变化的一个重要指标.本文在系统分析、归纳总结国内外相关领域研究成果的基础上,综述了盐碱地及其改良过程中土壤微生物生态特征的研究进展,主要包括:盐碱地土壤微生物的种类和数量,土壤酶活性特征,微生物在盐碱地改良中的作用,盐碱地改良对土壤微生物的影响,以及用分子生态学手段研究盐碱地土壤微生物的进展情况等.在此基础上,提出了盐碱地土壤微生物未来应重点研究的几个方向.
原标题：【观点】微生物菌剂中的“野老虎”和“宠物猫”微生物菌剂无论是用作土壤修复菌剂或者是微生物菌肥，都有一个不可回避的问题，即微生物菌种在土壤环境中的竞争存活能力。竞争力强的菌种能够很快适应所处的土壤环境，迅速繁殖成为优势菌群，从而发挥其***土壤有机质、抵御有害菌群、刺激植物生长的作用，同时还可以达到修复土壤、培肥地力、防治土传病害、提高作物产量和品质之目的。竞争力差的菌种，不仅作用大打折扣，而且在土壤菌群数量会迅速衰减，存活都较为困难。鉴于国家相关政策的倾斜，一些不具备生产微生物菌剂的企业也跟风上马，加入到土壤修复菌剂和微生物菌肥的生产行列。企业没有具有自主知识产权的菌种，大都采用外购菌种的形式解决生产问题，但是不清楚由于微生物个体很小，与外界环境的接触面很大，在人工重复培养繁殖过程中极易发生变异，丧失其原来的一些特性，特别是野生环境下的竞争存活能力。这样生产出来的菌剂产品好比自家养的宠物猫，进入自然的生态环境后往往自身难保，见了耗子都会吓怕的情况下，怎么能抓住耗子。丧失野生环境下竞争存活能力的菌剂，也是如此，根本无法发挥其抵御有害菌群、***土壤有机质等作用。
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