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    上述范例充分说明基因组重排介导的微生物定向进化是多个基因共同参与、对代谢网络进行全局调控的结果，而后基因时代飞速发展起来的各类组学分析则成为深入解析相关表型和基因型的有力工具。5展望基因组重排作为一种实用且***的微生物育种技术，在对目标微生物背景缺乏了解、无法有效进行遗传操作等条件下可以人工地加速其定向进化，为许多微生物及其代谢产物的工业化应用奠定了基础。但是，基因组重排同样有其内在局限性和先天不足。比如基因组重排的成功实施需要高质量的原生质体作为基础，因此不适合应用于那些较难培养和不易制备原生质体的微生物。由于绝大部分用于基因组重排的亲本仍然来源于传统的随机诱变，并且其性能的优劣直接影响到**终重排突变菌的质量，所以无法回避传统育种方法固有的效率低下这一局限性。同时，微生物基因表达和代谢网络调控的复杂性使得通过基因组重排富集的多种突变是否一定会产生协同效应仍存在不确定性，也有可能因为相互干扰而无法促进预期的目标菌种定向进化。此外，实现基因组重排突变菌的产业化应用还需要满足一定的条件，作者在早期针对重要微生物天然产物***雷帕霉素(Rapamycin)的开发中。